La caractéristique la plus remarquable et unique de la salsa est peut-être le concept binaire - et la cellule rythmique - appelé clave (prononcer « clabé »).  La clave (qui signifie « clé » en espagnol) désigne à la fois l'instrument de musique et le rythme fondamental de cette musique.

L'instrument : La Clave consiste en deux cylindres de bois d'une vingtaine de centimètres que l'on frappe l'un contre l'autre. Cette percussion toute simple, née dans le port de La Havane (il s'agissait à la base de pièces de bois récupérées sur les bateaux) est la colonne vertébrale de la musique latine. C'est bien la Clave que l'on suit et c'est sur elle que s'appuie tout l'orchestre. Elle donne la base du rythme, la pulsation primordiale... tendez l'oreille et vous vous rendrez compte que dans toute Salsa qui se respecte, son rythme est omniprésent, même quand l'instrument "physique" n'est pas en train de jouer.

Le rythme : La Clave fonctionne comme une sorte de colonne vertébrale de la cellule rythmique, un guide central qui génère les patterns des  cloches, des congas, etc. Ce rythme est le plus souvent joué par l'instrument que nous venons de décrire, mais cela n'est pas un absolu et il n'est pas rare de voir le « timbalero » être en charge de cette partie rythmique.

Le rythme est formé de deux séquences rythmiques de 4 temps, répétées à l'infini : une mesure « forte » contenant trois notes (appelée tresillo en espagnol) et une mesure « faible » contenant deux notes. On appelle ainsi Clave 3/2 la structure rythmique dans laquelle interviennent d'abord les trois chocs, puis les deux chocs (le rythme fait « pam-pam-pam / pam-pam »), et la Clave 2/3 la structure rythmique qui correspond à la structure inverse. Un nombre impair de mesures créera le changement de direction de la clave dans la chanson.

S'il est possible de parler de dizaines de sortes de claves qui correspondent a autant de genres de musiques, à la base on en trouve deux principales: la clave du « son » et celle de la rumba (voir l'illustration ci-dessous).

La clave du son (clave de son) est la plus courante. Ses contours sont plus faciles à suivre pour des oreilles occidentales étant donné qu'elle ne contient qu'une seule note syncopée : celle de la deuxième moitié du deuxième temps de la mesure à trois notes de la clave, laquelle est dite bombo. Cette note syncopée est accentuée.

La clave de la rumba (clave de rumba) contient deux notes syncopées. En plus de la première (dite bombo), un deuxième accent tombe sur la 2e croche du quatrième temps de la mesure à trois notes. Cette syncope est décevante à l'oreille car elle est proche de la mesure à deux-deux (2 blanches).C'est pourquoi il faut toujours pratiquer la clave avec la pulsation, ce qui permet d'entendre la syncope et de réaliser qu'elle fait bel et bien partie de la mesure à trois notes.

L'étude instrumentale de ces deux claves est indispensable à la maîtrise des styles de musique dont elle constitue la base rythmique, au même titre que l'étude des rythmes binaires ou ternaires est indispensable à l'étude du classique et du rock pour les rythmes binaires et à celle du jazz pour les rythmes ternaires.

Un exercice simple et efficace consiste à taper un des rythmes, par exemple la clave, sur le genou avec la main, alors que l'on tape l'autre sur une table. On obtient ainsi deux sons distincts, ce qui facilite l'apprentissage et permet de bien mettre en évidence les deux rythmes composant la cellule rythmique de base de ces musiques ainsi que l'alternance tension-relaxation qui leur est propre et leur donne leur caractère particulier. Evidemment, le danseur s'affairera également à caler la clave sur son pas de base 1-2-3 / 5-6-7.